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Las Dificultades de Destiny como su nombre lo indica son la fuerza y inteligencia de la IA enemiga en las misiones. Esta puede ser elegida por el jugador al inicio de una misión. Todas las misiones de Destiny tienen un mínimo de nivel de los enemigos (aunque también se puede tomar como nivel recomendado de guardián) variando desde el 4 y 5 en la Tierra o el nivel 18-20 en Marte. La IA siempre podrá ser aumentada al máximo, por ejemplo los primeros niveles de la Tierra se pueden hacer incluso en nivel 32. Cuanto más dificultad mayor será la recompensa, ya sea mediante subidas de nivel o engramas más avanzados para el Criptarca.